1998年11月27日，黑龙江垦区审时度势、果断决策，将优势资源进行战略性重组，组成了黑龙江北大荒农业股份有限公司（以下简称公司）。
公司经国家经贸委批准，由具有60年发展历史的中国500强企业——北大荒农垦集团总公司（以下简称集团公司）做为独家发起人，注册资本为163429.2万元。
北大荒股份下辖友谊、七星、青龙山等16个农业分公司和浩良河化肥分公司，控股北大荒米业有限公司、北大荒纸业有限公司和龙垦麦芽有限公司，是我国目前规模最大、现代化水平最高的农业类股份有限公司和商品粮生产基地，具有明显的规模、资源、技术、装备、管理及绿色产品优势。
2002年3月29日9时26分，这是一个必将永远载入北大荒史册的时刻。就在这一刻，北大荒农业股份有限公司A股30000万股股票在亚洲最大的证券交易市场——上海证券交易所正式上市，标志着在中国资本市场上也有了“北大荒”的一席之地。
以此为起点，北大荒的国际化、市场化、现代化进程进一步提速，一个巨大的舞台徐徐打开。
公司拥有936万亩耕地和360万亩可垦荒地。这里有北大荒精神萌发成长的历史积淀，是一方具有独特发展优势的神奇热土。
公司承担起建立绩优诚信的农业上市公司的重任，各级领导班子以做优做大做强北大荒股份，使公司成为产业化、股份化、集团化的现代农业企业为已以任，积极实施现代农业装备工程，建立优质农产品基地，稳定提高粮食生产能力，扩大无公害、绿色、有机食品的生产比重；实施以龙头企业为牵动力的产业化经营，实施大招商、大流通及资本运作，创造农业股份公司经济增长的新优势，被称为中国现代农业的排头兵。
秉承北大荒集团深厚的历史与文化底蕴，以优异的经营业绩和对股东的丰厚回报，公司在中国资本市场上演绎着前无古人的精彩传奇，其“中国农业蓝筹第一股”的形象已然确立。
2003，公司被“中国上市公司百强高峰论坛”评为中国上市公司百强第97名。
2004年，公司实施撤队建区改革，撤销43个分场和676个农业生产队建制，集中建立148个管理区，分流2301名管理人员，减少了管理层次，压缩管理费用5150万元。这一年，公司总资产达86.53亿元，股东权益为40%亿元，主营业务收为32.05亿元，利润总额为4.49亿元，净利润为4.46亿元。
2004年12月28日，上海证券交易所正式宣布：将于2005年首个交易日起，发布上证红利指数，公司被选为首批样本股。
公司产业结构调整成效显著。2004年以来，公司成功收购了米业集团、纸业公司，与集团公司共同出资设立龙垦麦芽公司，成功完成浩化“油改煤”工程，注入资金使龙头企业规模不断扩大，米业公司加工能力在原有基础上增加了30万吨；纸业公司生产能力在原有基础上增加了3.5万吨；浩化改变了产品结构单一的局面，新上10万吨甲醇生产项目；龙垦麦芽公司在原有基础上扩增生产能力10万吨。
从公司上市到2005年，公司用于农业基础设施的投资共计8.1亿元。建设了35个现代农业装备试验区，新增大型农业机械2887台，农机装备水平极大提高，田间作业综合机械化率达到93%以上，农业标准化、农业科技水平显著提高，粮食综合生产能力大幅度增强。农业基础设施不断完善。优化种植业结构，积极扩大水稻、玉米等高产高效作物的面积。
2005年7月，第二届中国最具生命力百强企业排名在北京揭晓，黑龙江北大荒农业股份有限公司是入榜的黑龙江省4家企业之一，在百强榜中列第60名。
2005年7月，公司投资建设的北大荒米业建三江30万吨稻谷综合加工项目开工建设，项目投资总额2.2亿人民币，每年可加工水稻30万吨，可生产精制大米20万吨、米糠油2400吨、米糠粕2万吨和少量谷维素。
2005年7月30日，公司投资建设的浩良河化肥分公司日产333吨甲醇项目正式开工，这一项目的实施，将使浩化改变多年的产品品种单一的局面，增加抵御市场风险的能力，经济效益也将大幅度提高。
2005年9月，经过北京联合资信评估有限公司的评估，黑龙江北大荒农业股份有限公司获得了A-1+顶级信用。11月，中国上市公司综合竞争力20强企业评选活动中，公司凭借出色的规模竞争力、效率竞争力等指标成功上榜。
2005年粮食总产量为343.2万吨，较上市之初的295.79万吨增长16%；实现主营业务收入44.45亿元，较上市之初的14.7亿元增长202%；企业利润水平稳定提高，2005年实现利润4.9亿元，比2002年的3.8亿元增长29%；人均纯收入由2002年的3500元提高到2005年的6450元，增长84%。截至2005年底，公司资产总额为89亿元，净资产为44亿元，分别比上市之初的62亿元和35亿元增长43%和26%。2005年净资产收益率为11.08%。累计分配红利5.9亿元，改善了与投资者的关系，充分维护了股东的合法权益。
2006年5月16日，中国证券报2005年度上市公司百强评选结果揭晓，“北大荒”列“2005年百强主榜单”第90名。2006年5月29日，“北大荒”入选中证100指数样本股。2006年7月、9月，北大荒农业股份有限公司两次滚动发行短期融资债券共计14亿元。
2006年12月26日，《2006 黑龙江企业50强排行榜》在哈尔滨揭晓。公司入选黑龙江省50强企业第18名。
公司自上市以来的6年，是规范运作、健康成长的6年，是公司经济总量不断扩大、综合竞争实力显著增强的6年。企业呈现经济快速发展，效益稳健上升的良好态势，诚信绩优的“北大荒股份”形象进一步树立。公司2006年实现主营业务收入45亿元，比去年增长11%；净利润总额5.3亿元，比去年增长10%。粮豆总产再创新高，实现粮豆总产量380.9万吨，比上年增长11%；家庭农场人均净收虎林农机二手拖拉机入达7100元，比去年增长11.6%。2007年6月15日，在2006中证百强的评比活动中，“北大荒”入选中证市值百强，列第91名。