在职人员利用职务便利骗取套取粮食直补金，应该依照《中华人民共和国刑法》第三百九十七条的规定进行处罚。
第三百九十七条　【滥用职权罪玩忽职守罪】国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
国家机关工作人员徇私舞弊，犯前款罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役情节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。
5万元数额不算巨大，依法退赃可从轻处罚，应该可以判三年以下有期徒刑。